進行秘密親子鑒定只能選擇個人隱私親子鑒定，而不能申請司法親子鑒定，因此親子鑒定報告書在法律上并不具備效力，無法應用于任何正式事務。鑒定結果僅供個人參考使用。當然，如果秘密親子鑒定結果表明非親緣關系，可隨后作為起訴的依據，申請司法親子鑒定。若對方拒繼進行合作，可訴諸法院，并提出司法鑒定請求。
為何秘密親子鑒定無法申請司法鑒定呢?
司法親子鑒定要求被鑒定人本人親自攜帶證件到司法鑒定機構現場申請，簽署司法鑒定協議書和告知書。采樣時需在司法鑒定機構提供的現場提取血液，而很多地區規定司法親子鑒定的樣本只接受血液，其他樣本不予承認。此外，必須在司法鑒定機構內按指紋、拍照并錄像。這些措施旨在避免造假以保障司法鑒定的權威性。
司法親子鑒定報告具有法律效力，可用于出生證明、戶口遷移、繼承財產、入學、移民等多方面。而秘密進行的親子鑒定為何缺乏法律效力呢?
秘密親子鑒定通常隱瞞對方，因此采樣和送檢往往在未經他人同意的情況下進行，故難以申請司法鑒定。個人隱私親子鑒定可匿名進行，由此出具的親子鑒定報告書并不具備法律效力。
唯一的例外情況是，若僅涉及父子或父女關系，可攜帶孩子前往司法鑒定機構現場申請，從而申請司法親子鑒定，并據此獲得合法效力的親子鑒定報告書。
若確知孩子非親生，而妻子拒絕合作進行親子鑒定，該如何處理呢?
這種情形在日常生活中并不罕見，一些女性堅決反對孩子進行親子鑒定，甚至對孩子實行嚴密控制，致使無法進行司法親子鑒定。
在這種對方不合作的情形下，可向法院提出離婚或民事訴訟申請，由法院委派司法鑒定機構進行親子鑒定，避免效力上的疑慮。
